Компъютерный анализ генома Vibrio vulnificus для выявления потенциальных локусов вариабельных простых тандемных повторов

Авторы
Файлы

Водопьянов С. О. Водопьянов А.С. Мишанькин Б.Н. Статья в формате PDF 113 KB Вариабельные тандемные повторы (variable number tandem repeat, VNTR) представляют участки ДНК, состоящие из нескольких последовательно и монотонно повторяющихся олигонуклеотидов [Van Belkum A., 1998]. Полная расшифровка генома холерного вибриона, осуществленная в рамках широкого международного проекта [Heidelberg JF, 2000], позволила идентифицировать шесть локусов вариабельных тандемных повторов и разработать мультилокусную систему молекулярного типирования возбудителя холеры. Предложенная схема апробированна на обширной коллекции штаммов возбудителя холеры, выделенных как из объектов внешней среды, так и при вспышках заболевания (Водопьянов С.О. и др.,2001, 2002).

Недавно расшифрован геном другого представителя рода Vibrio V. vulnificus штамм CMCP6. Целью настоящей работы являлся компъютерный анализ генома V. vulnificus с целью поиска потенциальных локусов VNTR, которые, в случае их вариабельности, можно использовать для молекулярно-генетической идентификации различных штаммов возбудителя.

Полная нуклеотидная структура первой и второй хромосом V. vulnificus размерами 3 281 945 и 1 844 853 нуклеотидов находились в GenBank по электронным адресам AE016795 и AE016796. Для анализа использовали авторскую компъютерную программу "Repeat 1.0". При этом параметры минимального пограничного значения величины и кратности нуклеотидных повторов были установлены в режиме "четыре по четыре". Выявление возможных нуклеотидных замен в повторах, приводящих к формированию дегенеративных тандемных повторов в данном исследовании не проводили.

Результаты компъютерного анализа свидетельствовали о существовании в геноме V. vulnificus значительного числа потенциальных локусов простых тандемных повторов. Так, в составе первой хромосомы обнаружено свыше 30 участков ДНК, содержащих повторы. Размер повторяющейся последовательности составлял от 6 до 8 нуклеотидов, а число повторов варьировало от 5 до 27. В составе второй (меньшей) хромосомы выявлено семь повторов длиной от пяти до девяти нуклеотидов. При этом кратность повторов варьировала от 5 до 23.

В целом число локусов, содержащих простые тандемные повторы в геноме V. vulnificus, приблизительно на порядок превышает их количество в составе генома холерного вибриона (Водопьянов, 2001). Учитывая, что размеры полных геномов указанных вибрионов пpaктически одинаковы, обнаруженные различия могут отражать особенности биологии возбудителей. Полученные результаты можно рассматривать как первый этап создания молекулярно-генетической системы мультилокусного VNTR-типирования V. vulnificus. Дальнейшим этапом работы может быть конструирование специфических праймеров и анализ коллекции штаммов с целью выявления вариабельных локусов.

Разработка рецептуры кисломолочного продукта (кефира) с настоем лекарственного растения (боярышника) для профилактики сердечно-сосудистых заболеваний

Статья в формате PDF 254 KB...

23 03 2026 11:39:26

АНГЛИЙСКИЙ ЯЗЫК (ПОСОБИЕ ПО ПЕРЕВОДУ МЕДИЦИНСКИХ ТЕКСТОВ)

Статья в формате PDF 241 KB...

22 03 2026 20:17:21

ПРОЕКТЫ, СВЯЗАННЫЕ С ИННОВАЦИЯМИ

Рассмотрены проекты, связанные с инновациями. Определены понятия: «проект, содержащий инновацию», «проекты, связанные с инновациями», «проект, вовлекающий инновации». Дана концептуальная схема взаимосвязи проектов, связанных с инновациями. Приведены примеры различных проектов. Показаны различные виды технологических и информационных потоков в комплексе проектов, связанных с инновациями Введено понятие, «среды развития инновации». Рассмотрен пример трaнcпортной инфраструктуры как среды развития инноваций. Определены условия, при которых может возникнуть открытый инновационный проект. Дается схема мониторинга результата инновации. Показано различие между полем отношений и полем взаимодействия среды с результатом инновации. Показано, что комплекс проектов является взаимосвязанным. Поэтому при реализации системы управления инновациями этот комплекс должен быть принят за основу такой системы ...

21 03 2026 2:44:49

СОВРЕМЕННЫЕ КОМБИНИРОВАННЫЕ ПРЕПАРАТЫ – ПЕРСПЕКТИВНАЯ ТЕХНОЛОГИЯ ФАРМАКОТЕРАПИИ БРОНХО-ЛЕГОЧНЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ

Статья в формате PDF 249 KB...

20 03 2026 10:12:53

Статья в формате PDF 113 KB...

19 03 2026 3:37:16

ВЛИЯНИЕ ПРИРОДНО-КЛИМАТИЧЕСКИХ УСЛОВИЙ РЕСПУБЛИКИ БАШКОРТОСТАН НА ВЫЖИВАЕМОСТЬ И СРОКИ РАЗВИТИЯ ЯИЦ ГЕЛЬМИНТОВ

Статья в формате PDF 113 KB...

18 03 2026 12:37:35

ИССЛЕДОВАНИЕ УСЛОВИЙ ПРИМЕНЕНИЯ РЯДА ОРГАНИЧЕСКИХ РАСТВОРИТЕЛЕЙ ДЛЯ ОЧИСТКИ ИНУЛИНАЗ ИЗ РАЗЛИЧНЫХ ИСТОЧНИКОВ

Разработана методика получения высокоочищенных препаратов инулиназы из продуцентов Aspergillus awamori и Saccharomyces cerevisiae. Исследовано влияние различных органических растворителей на полноту осаждения данного фермента. ...

17 03 2026 3:39:55

ОБЩЕБИОЛОГИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ МОРФОФУНКЦИОНАЛЬНОГО СИНТЕЗА ПРИ ИЗУЧЕНИИ НЕРВНОЙ И СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТОЙ СИСТЕМ МЛЕКОПИТАЮЩИХ

Авторами проведено комплексное исследование сосудистых и нервных структур всего органокомплекса брюшной полости, что позволило подтвердить общие морфологические закономерности, свойственные млекопитающим отряда хищных, выявить хаpaктерные видовые и внутривидовые особенности васкуляризации и иннервации у пушных зверей клеточного содержания. Полученные новые данные о морфологии сосудистых и нервных образований органов брюшной полости млекопитающих являются оригинальными и дают не только полное представление об изученных структурах, но позволяют морфофункционально интерпретировать адаптогенные процессы, протекающие в интегративно-координационных системах организма пушных зверей, находящихся под интенсивным антропогенным воздействием в процессе доместикации. ...

16 03 2026 19:43:28

ОЛИГОМЕРЫ НА ОСНОВЕ ОТХОДОВ НЕФТЕХИМИИНАПОЛНИТЕЛИ БУТАДИЕН-СТИРОЛЬНЫХ КАУЧУКОВ

Рассмотрен вопрос получения модифицированного высокотемпературным воздействием в присутствии гидропероксида пинана олигомерного продукта из отходов производства СК. Исследован процесс получения водноолигомерноантиоксидантной дисперсии на его основе. Проведена оценка влияния добавки данной дисперсии на процесс выделения каучука из латекса. ...