Компъютерный анализ генома Vibrio vulnificus для выявления потенциальных локусов вариабельных простых тандемных повторов

Авторы
Файлы

Водопьянов С. О. Водопьянов А.С. Мишанькин Б.Н. Статья в формате PDF 113 KB Вариабельные тандемные повторы (variable number tandem repeat, VNTR) представляют участки ДНК, состоящие из нескольких последовательно и монотонно повторяющихся олигонуклеотидов [Van Belkum A., 1998]. Полная расшифровка генома холерного вибриона, осуществленная в рамках широкого международного проекта [Heidelberg JF, 2000], позволила идентифицировать шесть локусов вариабельных тандемных повторов и разработать мультилокусную систему молекулярного типирования возбудителя холеры. Предложенная схема апробированна на обширной коллекции штаммов возбудителя холеры, выделенных как из объектов внешней среды, так и при вспышках заболевания (Водопьянов С.О. и др.,2001, 2002).

Недавно расшифрован геном другого представителя рода Vibrio V. vulnificus штамм CMCP6. Целью настоящей работы являлся компъютерный анализ генома V. vulnificus с целью поиска потенциальных локусов VNTR, которые, в случае их вариабельности, можно использовать для молекулярно-генетической идентификации различных штаммов возбудителя.

Полная нуклеотидная структура первой и второй хромосом V. vulnificus размерами 3 281 945 и 1 844 853 нуклеотидов находились в GenBank по электронным адресам AE016795 и AE016796. Для анализа использовали авторскую компъютерную программу "Repeat 1.0". При этом параметры минимального пограничного значения величины и кратности нуклеотидных повторов были установлены в режиме "четыре по четыре". Выявление возможных нуклеотидных замен в повторах, приводящих к формированию дегенеративных тандемных повторов в данном исследовании не проводили.

Результаты компъютерного анализа свидетельствовали о существовании в геноме V. vulnificus значительного числа потенциальных локусов простых тандемных повторов. Так, в составе первой хромосомы обнаружено свыше 30 участков ДНК, содержащих повторы. Размер повторяющейся последовательности составлял от 6 до 8 нуклеотидов, а число повторов варьировало от 5 до 27. В составе второй (меньшей) хромосомы выявлено семь повторов длиной от пяти до девяти нуклеотидов. При этом кратность повторов варьировала от 5 до 23.

В целом число локусов, содержащих простые тандемные повторы в геноме V. vulnificus, приблизительно на порядок превышает их количество в составе генома холерного вибриона (Водопьянов, 2001). Учитывая, что размеры полных геномов указанных вибрионов пpaктически одинаковы, обнаруженные различия могут отражать особенности биологии возбудителей. Полученные результаты можно рассматривать как первый этап создания молекулярно-генетической системы мультилокусного VNTR-типирования V. vulnificus. Дальнейшим этапом работы может быть конструирование специфических праймеров и анализ коллекции штаммов с целью выявления вариабельных локусов.

ЭТИОЛОГИЧЕСКАЯ СТРУКТУРА ОНИХОМИКОЗОВ У БОЛЬНЫХ ПСОРИАЗОМ

Статья в формате PDF 174 KB...

30 10 2026 12:53:22

ОСОБЕННОСТИ ПРОДУКЦИИ ЦИТОКИНОВ ПРИ ВИЧ-ИНФЕКЦИИ

По мере прогрессирования ВИЧ-инфекции наблюдается дисбаланс в выработке цитокинов, хаpaктеризующийся переключением Тh-1 ответа на Тh-2. Это, в свою очередь, приводит к прогрессированию иммуносупрессии и развитию оппортунистических инфекций. Определено, что IFN-γ, IL-2, IL-4, IL-10 и TGFβ могут обладать разнонаправленным действием в зависимости от локальных условий. Оценка иммунологических параметров может определять прогноз развития заболевания и коpрегировать интенсивность противовирусной терапии. ...

29 10 2026 0:17:12

НРАВСТВЕННЫЕ ЗАПОВЕДИ ПРЕДПРИНИМАТЕЛЯ

Статья в формате PDF 130 KB...

28 10 2026 12:26:43

СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ИОННОГО СОСТАВА МИНЕРАЛЬНЫХ ВОД БЕЛГОРОДСКОЙ ОБЛАСТИ

Статья в формате PDF 113 KB...

27 10 2026 6:36:41

К ВОПРОСУ ИЗУЧЕНИЯ СОСТОЯНИЯ СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТОЙ СИСТЕМЫ ЛЕГКОАТЛЕТОВ ВЫСОКОГО КЛАССА

Статья в формате PDF 98 KB...

26 10 2026 14:32:11

ВЛИЯНИЕ ОТХОДА ПРОИЗВОДСТВА РЕЗОРЦИНА НА НОРМАЛЬНУЮ ГУСТОТУ ЦЕМЕНТНОГО ТЕСТА

Статья в формате PDF 94 KB...

25 10 2026 4:50:23

БИОЛОГИЧЕСКИ АКТИВНАЯ ДОБАВКА К ПИЩЕ «ВИТЭН» КАК ЭФФЕКТИВНОЕ СРЕДСТВО УКРЕПЛЕНИЯ ОРГАНИЗМА В ЭКСТРЕМАЛЬНЫХ УСЛОВИЯХ

Статья в формате PDF 112 KB...

24 10 2026 2:20:13

ПАТОГЕНЕТИЧЕСКОЕ ЗНАЧЕНИЕ ИНТЕНСИФИКАЦИИ ОБРАЗОВАНИЯ АУТОРОЗЕТОК И ТРОМБОЦИТАРНЫХ АГРЕГАТОВ В ЦИРКУЛИРУЮЩЕЙ КРОВИ

Активация лейкоцитов и тромбоцитов циркулирующей крови детей при неотложных состояниях сопровождается интенсификацией образования в ней клеточных ассоциаций, представленных ауторозетками, образованными лейкоцитами из эритроцитов, и тромбоцитарными агрегатами. Циркуляция в крови значительных количеств этих клеточных ассоциаций способна вызвать ухудшение её реологических свойств и соответственно нарушения микроциркуляции. Поскольку эритроциты, входящие в состав ауторозеток и контактирующие с тромбоцитами, подвергаются экзоцитарному лизису, это приводит к поступлению в циркулирующую кровь эритроцитарных прокоагулянтов и увеличивает возможность тромбообразования. Поэтому интенсификацию образования ауторозеток и тромбоцитарных агрегатов можно рассматривать как патогенетические факторы нарушений микроциркуляции при неотложных состояниях. ...