Компъютерный анализ генома Vibrio vulnificus для выявления потенциальных локусов вариабельных простых тандемных повторов

Недавно расшифрован геном другого представителя рода Vibrio V. vulnificus штамм CMCP6. Целью настоящей работы являлся компъютерный анализ генома V. vulnificus с целью поиска потенциальных локусов VNTR, которые, в случае их вариабельности, можно использовать для молекулярно-генетической идентификации различных штаммов возбудителя.
Полная нуклеотидная структура первой и второй хромосом V. vulnificus размерами 3 281 945 и 1 844 853 нуклеотидов находились в GenBank по электронным адресам AE016795 и AE016796. Для анализа использовали авторскую компъютерную программу "Repeat 1.0". При этом параметры минимального пограничного значения величины и кратности нуклеотидных повторов были установлены в режиме "четыре по четыре". Выявление возможных нуклеотидных замен в повторах, приводящих к формированию дегенеративных тандемных повторов в данном исследовании не проводили.
Результаты компъютерного анализа свидетельствовали о существовании в геноме V. vulnificus значительного числа потенциальных локусов простых тандемных повторов. Так, в составе первой хромосомы обнаружено свыше 30 участков ДНК, содержащих повторы. Размер повторяющейся последовательности составлял от 6 до 8 нуклеотидов, а число повторов варьировало от 5 до 27. В составе второй (меньшей) хромосомы выявлено семь повторов длиной от пяти до девяти нуклеотидов. При этом кратность повторов варьировала от 5 до 23.
В целом число локусов, содержащих простые тандемные повторы в геноме V. vulnificus, приблизительно на порядок превышает их количество в составе генома холерного вибриона (Водопьянов, 2001). Учитывая, что размеры полных геномов указанных вибрионов пpaктически одинаковы, обнаруженные различия могут отражать особенности биологии возбудителей. Полученные результаты можно рассматривать как первый этап создания молекулярно-генетической системы мультилокусного VNTR-типирования V. vulnificus. Дальнейшим этапом работы может быть конструирование специфических праймеров и анализ коллекции штаммов с целью выявления вариабельных локусов.
Статья в формате PDF
153 KB...
02 05 2026 15:48:18
Статья в формате PDF
306 KB...
01 05 2026 6:41:21
Статья в формате PDF
301 KB...
30 04 2026 10:27:18
Статья в формате PDF
108 KB...
29 04 2026 8:55:38
Статья в формате PDF
140 KB...
27 04 2026 22:55:30
Статья в формате PDF 360 KB...
26 04 2026 0:27:41
Исследования мозговых механизмов пограничных нейрофизиологических расстройств находятся еще в начальной стадии. Следовательно, весьма продуктивно проведение исследование этой проблемы с применением математических методов в определении ценности диагностических тестов, выбора и оценки способов восстановления функций мозговых структур.
...
25 04 2026 3:54:40
Статья в формате PDF
125 KB...
24 04 2026 17:19:19
Предложен ландшафтный метод районирования торфяных месторождений. Проведен геосистемный анализ и дана хаpaктеристика торфяных ресурсов.
...
22 04 2026 3:22:36
Статья в формате PDF
297 KB...
21 04 2026 18:30:30
Статья в формате PDF
106 KB...
19 04 2026 8:23:56
Статья в формате PDF
100 KB...
18 04 2026 6:42:14
Статья в формате PDF
108 KB...
16 04 2026 17:29:15
Статья в формате PDF
120 KB...
15 04 2026 6:31:41
Статья в формате PDF
120 KB...
14 04 2026 18:38:15
Статья в формате PDF
295 KB...
12 04 2026 20:34:27
Статья в формате PDF
148 KB...
10 04 2026 15:51:29
Статья в формате PDF
103 KB...
09 04 2026 0:54:10
Статья в формате PDF
103 KB...
08 04 2026 22:25:26
Статья в формате PDF
132 KB...
06 04 2026 4:53:29
Статья в формате PDF
314 KB...
05 04 2026 2:13:57
Статья в формате PDF
118 KB...
03 04 2026 19:58:56
Статья в формате PDF
137 KB...
02 04 2026 10:49:30
Статья в формате PDF
118 KB...
01 04 2026 19:19:16
Статья в формате PDF
257 KB...
31 03 2026 16:28:27
Приведены новые положения теории зацепления, отражающие специфику цилиндрической винтовой пары «инструмент-деталь»
...
30 03 2026 9:45:46
Статья в формате PDF
215 KB...
28 03 2026 20:30:33
Статья в формате PDF
123 KB...
27 03 2026 14:45:44
Статья в формате PDF
102 KB...
26 03 2026 2:40:50
Статья в формате PDF
121 KB...
25 03 2026 7:41:56
Еще:
Поддержать себя -1 :: Поддержать себя -2 :: Поддержать себя -3 :: Поддержать себя -4 :: Поддержать себя -5 :: Поддержать себя -6 :: Поддержать себя -7 :: Поддержать себя -8 :: Поддержать себя -9 :: Поддержать себя -10 :: Поддержать себя -11 :: Поддержать себя -12 :: Поддержать себя -13 :: Поддержать себя -14 :: Поддержать себя -15 :: Поддержать себя -16 :: Поддержать себя -17 :: Поддержать себя -18 :: Поддержать себя -19 :: Поддержать себя -20 :: Поддержать себя -21 :: Поддержать себя -22 :: Поддержать себя -23 :: Поддержать себя -24 :: Поддержать себя -25 :: Поддержать себя -26 :: Поддержать себя -27 :: Поддержать себя -28 :: Поддержать себя -29 :: Поддержать себя -30 :: Поддержать себя -31 :: Поддержать себя -32 :: Поддержать себя -33 :: Поддержать себя -34 :: Поддержать себя -35 :: Поддержать себя -36 :: Поддержать себя -37 :: Поддержать себя -38 ::