Компъютерный анализ генома Vibrio vulnificus для выявления потенциальных локусов вариабельных простых тандемных повторов

Авторы
Файлы

Водопьянов С. О. Водопьянов А.С. Мишанькин Б.Н. Статья в формате PDF 113 KB Вариабельные тандемные повторы (variable number tandem repeat, VNTR) представляют участки ДНК, состоящие из нескольких последовательно и монотонно повторяющихся олигонуклеотидов [Van Belkum A., 1998]. Полная расшифровка генома холерного вибриона, осуществленная в рамках широкого международного проекта [Heidelberg JF, 2000], позволила идентифицировать шесть локусов вариабельных тандемных повторов и разработать мультилокусную систему молекулярного типирования возбудителя холеры. Предложенная схема апробированна на обширной коллекции штаммов возбудителя холеры, выделенных как из объектов внешней среды, так и при вспышках заболевания (Водопьянов С.О. и др.,2001, 2002).

Недавно расшифрован геном другого представителя рода Vibrio V. vulnificus штамм CMCP6. Целью настоящей работы являлся компъютерный анализ генома V. vulnificus с целью поиска потенциальных локусов VNTR, которые, в случае их вариабельности, можно использовать для молекулярно-генетической идентификации различных штаммов возбудителя.

Полная нуклеотидная структура первой и второй хромосом V. vulnificus размерами 3 281 945 и 1 844 853 нуклеотидов находились в GenBank по электронным адресам AE016795 и AE016796. Для анализа использовали авторскую компъютерную программу "Repeat 1.0". При этом параметры минимального пограничного значения величины и кратности нуклеотидных повторов были установлены в режиме "четыре по четыре". Выявление возможных нуклеотидных замен в повторах, приводящих к формированию дегенеративных тандемных повторов в данном исследовании не проводили.

Результаты компъютерного анализа свидетельствовали о существовании в геноме V. vulnificus значительного числа потенциальных локусов простых тандемных повторов. Так, в составе первой хромосомы обнаружено свыше 30 участков ДНК, содержащих повторы. Размер повторяющейся последовательности составлял от 6 до 8 нуклеотидов, а число повторов варьировало от 5 до 27. В составе второй (меньшей) хромосомы выявлено семь повторов длиной от пяти до девяти нуклеотидов. При этом кратность повторов варьировала от 5 до 23.

В целом число локусов, содержащих простые тандемные повторы в геноме V. vulnificus, приблизительно на порядок превышает их количество в составе генома холерного вибриона (Водопьянов, 2001). Учитывая, что размеры полных геномов указанных вибрионов пpaктически одинаковы, обнаруженные различия могут отражать особенности биологии возбудителей. Полученные результаты можно рассматривать как первый этап создания молекулярно-генетической системы мультилокусного VNTR-типирования V. vulnificus. Дальнейшим этапом работы может быть конструирование специфических праймеров и анализ коллекции штаммов с целью выявления вариабельных локусов.

ДВУМЕРНАЯ ОБМЕННАЯ РАДИОСПЕКТРОСКОПИЯ ТВЕРДОГО ТЕЛА

Статья в формате PDF 91 KB...

11 06 2026 12:50:53

ПРОФИЛАКТИКА РЕЦИДИВИРУЮЩИХ ИНФЕКЦИЙ ВЕРХНИХ ДЫХАТЕЛЬНЫХ ПУТЕЙ У ДЕТЕЙ

Статья в формате PDF 99 KB...

10 06 2026 3:13:46

УЧЕНИЕ В.И. ВЕРНАДСКОГО И ЗДОРОВЬЕ НАСЕЛЕНИЯ

Статья в формате PDF 89 KB...

09 06 2026 10:23:33

ИЗУЧЕНИЕ ВЛИЯНИЯ ПИЩЕВОЙ ДОБАВКИ ХИТОЗОЛЬ НА БИОЛОГИЧЕСКУЮ АКТИВНОСТЬ ИНФУЗОРИЙ TETRAHYMENA PYRIFORMIS И ПРОЯВЛЕНИЕ ПРИЗНАКОВ ХРОНИЧЕСКОГО ДЕРМАТИТА У МЫШЕЙ CBRB

Статья в формате PDF 130 KB...

08 06 2026 11:53:13

СЕЙСМИЧНОСТЬ ВЫЗВАНА ГРАВИТАЦИОННЫМ ПОЛЕМ, УМЕНЬШАЮЩИМ ОБЪЕМ ЗЕМЛИ И УВЕЛИЧИВАЮЩИМ ПЛОТНОСТЬ ГЛУБИННОГО ВЕЩЕСТВА ЛИТОСФЕРЫ

Статья в формате PDF 110 KB...

07 06 2026 20:34:57

О ВЛИЯНИИ ГЕОМАГНИТНОГО ПОЛЯ (ГМП) НА БИОТУ

Статья в формате PDF 85 KB...

06 06 2026 22:15:34

СИСТЕМА ТЕХНИЧЕСКОЙ ДИАГНОСТИКИ ЭЛЕКТРОТЕХНИЧЕСКИХ КОМПЛЕКСОВ

Статья в формате PDF 122 KB...

05 06 2026 0:48:18

ЭКСПЕРИЕНЦИАЛЬНЫЙ ПОДХОД КАК НАУКОЕМКАЯ ТЕХНОЛОГИЯ ИССЛЕДОВАНИЯ ГИБКОЙ РАЦИО¬НАЛЬНОСТИ В СОВРЕМЕННОЙ КОГНИТИВНОЙ НАУКЕ

Статья в формате PDF 140 KB...

04 06 2026 12:36:27

РОЛЬ ЮРИСТА В СОЦИАЛЬНОЙ ПОДДЕРЖКЕ И ПРАВ ДЕТЕЙ С ОГРАНИЧЕННЫМИ ВОЗМОЖНОСТЯМИ ЗДОРОВЬЯ

Статья в формате PDF 113 KB...

03 06 2026 4:32:44

ДЕПОЛЯРИЗАЦИОННАЯ СПЕКТРОМЕТРИЯ В АНАЛИЗЕ АТМОСФЕРОСТОЙКОСТИ ПОЛИМЕРНЫХ МАТЕРИАЛОВ

Статья в формате PDF 111 KB...

02 06 2026 5:17:12

ЧИСЛЕННОЕ РЕШЕНИЕ УРАВНЕНИЯ ДИССИПАЦИИ ЭНЕРГИИ В ПОГРАНИЧНОМ СЛОЕ АТМОСФЕРЫ

Статья в формате PDF 210 KB...

01 06 2026 9:48:52

ФОРМЫ ДОПОЛНИТЕЛЬНОГО ХИМИКО-ЭКОЛОГИЧЕСКОГО ОБРАЗОВАНИЯ В ВУЗЕ

Статья в формате PDF 157 KB...

31 05 2026 13:40:13

ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ТЕХНОГЕННЫХ ОТХОДОВ В КАЧЕСТВЕ СТРОИТЕЛЬНЫХ МАТЕРИАЛОВ

Статья в формате PDF 295 KB...

30 05 2026 23:42:22

Мммуногистохимическое исследование распределения некоторых ферментных систем в первичной культуре нейронов гиппокампа

Статья в формате PDF 103 KB...

29 05 2026 19:35:27

ПРОФЕССИОНАЛЬНОЕ ВЫСШЕЕ ОБРАЗОВАНИЕ В КОНЦЕПЦИИ СВОБОДНОГО ВОСПИТАНИЯ

Статья в формате PDF 101 KB...

28 05 2026 20:18:42

ПОВЫШЕНИЕ ИНТЕРЕСА К МУСУЛЬМАНСКОЙ КУЛЬТУРЕ КАК РЕАКЦИЯ НА ГЛОБАЛИЗАЦИОННЫЕ ПРОЦЕССЫ

В статье показано увеличение интереса граждан России к истории и культуре стран ислама. Это связано с повышением политической активности этих стран и расширением их туристического сервиза. ...

27 05 2026 4:27:17

СИНДРОМ ЭНДОТОКСИКОЗА У БОЛЬНЫХ РАЗЛИЧНЫМИ ФОРМАМИ ХРОНИЧЕСКОГО БРУЦЕЛЛЕЗА

Статья в формате PDF 119 KB...

26 05 2026 0:12:15

ВОЗМОЖНЫЕ ФАКТОРЫ РИСКА У РАБОЧИХ ПРИ БУРЕНИИ, ДОБЫЧЕ И ПЕРЕРАБОТКЕ ПРИРОДНОГО ГАЗА С ВЫСОКИМ СОДЕРЖАНИЕМ СЕРОВОДОРОДА

Статья в формате PDF 124 KB...

25 05 2026 5:46:26

ДАЛАРГИН-ИНДУЦИРУЕМАЯ МОДУЛЯЦИЯ ФУНКЦИОНАЛЬНО-МЕТАБОЛИЧЕСКОЙ АКТИВНОСТИ НЕЙТРОФИЛЬНЫХ ЛЕЙКОЦИТОВ

Статья в формате PDF 108 KB...

24 05 2026 16:44:34

МЕТОДОЛОГИЯ СИСТЕМНОГО УПРАВЛЕНИЯ РАЗВИТИЕМ ПРОИЗВОДСТВЕННЫХ ТЕХНОЛОГИЙ

Статья в формате PDF 136 KB...

23 05 2026 23:26:46

ОПЫТ ДЕЛЕНИЯ СИНДРОМА ОСТРОЙ ПОЛИСИСТЕМНОЙ ДИСФУНКЦИИ ПО КЛАССИФИКАЦИОННЫМ ПРИЗНАКАМ

Статья в формате PDF 99 KB...

22 05 2026 8:50:31

ЗАКОНОМЕРНОСТИ РАСПРЕДЕЛЕНИЯ АРТЕРИЙ В УЗЛАХ ПРОВОДЯЩЕЙ СИСТЕМЫ СЕРДЦА ЧЕЛОВЕКА

Статья в формате PDF 126 KB...

21 05 2026 3:11:43

ВЗАИМОСВЯЗЬ СИТУАЦИИ НА МИРОВОМ НЕФТЯНОМ РЫНКЕ И ФИНАНСОВ НЕФТЯНЫХ КОМПАНИЙ

Статья в формате PDF 110 KB...

20 05 2026 15:29:20

ФАГОЦИТАРНАЯ ДИСФУНКЦИЯ БРОНХОЛЕГОЧНОЙ СИСТЕМЫ ПРИ ХРОНИЧЕСКОМ ОБСТРУКТИВНОМ БРОНХИТЕ

Статья в формате PDF 117 KB...

19 05 2026 19:49:53

АНТРОПОГЕННОЕ ВЛИЯНИЕ ПРИЕМОВ ОСНОВНОЙ ОБРАБОТКИ НА ЭЛЕМЕНТЫ МЕХАНИЧЕСКОГО СОСТАВА СЕРОЙ ЛЕСНОЙ ПОЧВЫ

Вовлечение серой лесной почвы в сельскохозяйственное производство в течение 26 лет приводит к формированию специфических свойств, которые обусловлены преобразованием микроагрегированности почв. Активность этого процесса зависит от типа агрогенной нагрузки. Так механическое воздействие на серую лесную почву в результате ежегодной отвальной вспашки на 20–22 см вызывает изменение коэффициента полидисперсности и фактора дисперсности в слое 30–40 см. Применение ежегодной безотвальной обработки на глубину 6–8 см не оказывает существенного влияние на микроагрегированность почвы, что не приводит к формированию плужной подошвы. ...

18 05 2026 22:17:54

АНТРОПОФИТНАЯ ФЛОРА – УГРОЗА ПРИРОДНЫМ ЛАНДШАФТАМ СЕВЕРНОГО КАВКАЗА

Статья в формате PDF 127 KB...

17 05 2026 16:23:30

ФУНКЦИОНАЛЬНОЕ СОСТОЯНИЕ ГРАНУЛОЦИТОВ КРОВИ ЧЕЛОВЕКА, ПОДВЕРГАВШИХСЯ ХОЛОДОВОМУ ГИПО- И АНАБИОЗУ

Статья в формате PDF 139 KB...

16 05 2026 1:18:19

НОВЫЕ АСПЕКТЫ ПОДБОРА ИММУНОТРОПНЫХ СРЕДСТВ В ТЕРАПИИ УРОГЕНИТАЛЬНОГО ХЛАМИДИОЗА

В исследовании изучена возможность оптимизации терапии больных урогeнитaльным xлaмидиозом, на основе внедрения новой методики цитокининдуцированного определения чувствительности к лекарственным средствам. Под наблюдением находилось 240 больных урогeнитaльным xлaмидиозом обоего пола, в возрасте от 18 до 65 лет. В результате применения цитокининдуцированной методики определения чувствительности к лекарственным средствам, удалось значительным образом повысить эффективность терапии больных xлaмидиозом. ...

15 05 2026 19:36:37

Микробиологические и биофизические исследования трaнcпортируемой воды водовода Астpaxaнь-Мангышлак (оценка качества воды в зимний период)

Одной из наиболее актуальных проблем современности является проблема обеспечения населения качественной питьевой водой. Для решения проблемы деффицита воды Прикаспийского региона в 1989 году был построен водовод «Астpaxaнь-Мангышлак», общей протяженностью 1041 км который берет свое начало из протоки Кигач, расположенной в дельте р. Волга. Биотестирование на дафниях в исходной воде и в воде, трaнcпортируемой по водоводу показало, что процент погибших дафний по сравнению с контролем составляет в зимний период 14%, а в весенний – 20%. В летний период процент погибших дафний явлется наиболее выским – 31,8% и к осени этот показатель снижается до 23,8%. Эти значения меньше 50%, то есть в соответствии с п.3.1.5 РД – 118-02-90 тестируемая вода не оказывает острого токсического действия на дафний. ...