Компъютерный анализ генома Vibrio vulnificus для выявления потенциальных локусов вариабельных простых тандемных повторов

Недавно расшифрован геном другого представителя рода Vibrio V. vulnificus штамм CMCP6. Целью настоящей работы являлся компъютерный анализ генома V. vulnificus с целью поиска потенциальных локусов VNTR, которые, в случае их вариабельности, можно использовать для молекулярно-генетической идентификации различных штаммов возбудителя.
Полная нуклеотидная структура первой и второй хромосом V. vulnificus размерами 3 281 945 и 1 844 853 нуклеотидов находились в GenBank по электронным адресам AE016795 и AE016796. Для анализа использовали авторскую компъютерную программу "Repeat 1.0". При этом параметры минимального пограничного значения величины и кратности нуклеотидных повторов были установлены в режиме "четыре по четыре". Выявление возможных нуклеотидных замен в повторах, приводящих к формированию дегенеративных тандемных повторов в данном исследовании не проводили.
Результаты компъютерного анализа свидетельствовали о существовании в геноме V. vulnificus значительного числа потенциальных локусов простых тандемных повторов. Так, в составе первой хромосомы обнаружено свыше 30 участков ДНК, содержащих повторы. Размер повторяющейся последовательности составлял от 6 до 8 нуклеотидов, а число повторов варьировало от 5 до 27. В составе второй (меньшей) хромосомы выявлено семь повторов длиной от пяти до девяти нуклеотидов. При этом кратность повторов варьировала от 5 до 23.
В целом число локусов, содержащих простые тандемные повторы в геноме V. vulnificus, приблизительно на порядок превышает их количество в составе генома холерного вибриона (Водопьянов, 2001). Учитывая, что размеры полных геномов указанных вибрионов пpaктически одинаковы, обнаруженные различия могут отражать особенности биологии возбудителей. Полученные результаты можно рассматривать как первый этап создания молекулярно-генетической системы мультилокусного VNTR-типирования V. vulnificus. Дальнейшим этапом работы может быть конструирование специфических праймеров и анализ коллекции штаммов с целью выявления вариабельных локусов.
08 08 2026 5:44:10
Статья в формате PDF
139 KB...
07 08 2026 19:46:32
Статья в формате PDF
268 KB...
06 08 2026 15:24:12
Статья в формате PDF
257 KB...
05 08 2026 21:27:44
Статья в формате PDF
407 KB...
04 08 2026 4:27:18
Статья в формате PDF
261 KB...
03 08 2026 15:41:11
Статья в формате PDF
120 KB...
02 08 2026 17:51:43
Статья в формате PDF
104 KB...
01 08 2026 23:28:39
Статья в формате PDF
109 KB...
31 07 2026 13:45:49
Статья в формате PDF 251 KB...
29 07 2026 0:14:33
Статья в формате PDF
100 KB...
27 07 2026 21:58:48
Статья в формате PDF
113 KB...
26 07 2026 18:44:10
Статья в формате PDF
254 KB...
25 07 2026 15:12:36
Статья в формате PDF
240 KB...
24 07 2026 23:48:10
Статья в формате PDF
162 KB...
23 07 2026 15:44:13
Статья в формате PDF
270 KB...
22 07 2026 9:28:17
Статья в формате PDF
112 KB...
21 07 2026 21:56:16
Статья в формате PDF
271 KB...
20 07 2026 21:26:51
Статья в формате PDF
122 KB...
19 07 2026 10:48:44
Статья в формате PDF
112 KB...
18 07 2026 5:59:36
Статья в формате PDF
579 KB...
17 07 2026 17:53:56
Статья в формате PDF 283 KB...
16 07 2026 16:12:52
Краниальные брыжеечные лимфатические узлы у новорожденных белой крысы располагаются главным образом вдоль ствола одноименной артерии и отличаются слабо дифференцированной паренхимой. ...
15 07 2026 22:50:35
Статья в формате PDF
113 KB...
14 07 2026 1:30:26
Статья в формате PDF
330 KB...
13 07 2026 9:10:46
Статья в формате PDF
109 KB...
12 07 2026 19:52:35
Статья в формате PDF
263 KB...
11 07 2026 19:48:24
Статья в формате PDF
142 KB...
10 07 2026 0:35:33
Статья в формате PDF
103 KB...
09 07 2026 12:46:43
Статья в формате PDF
141 KB...
08 07 2026 17:34:12
Статья в формате PDF
117 KB...
07 07 2026 23:18:20
Статья в формате PDF
241 KB...
06 07 2026 5:17:28
В статье рассмотрено техническое решение инженерной экологии, которое может быть использовано при мониторинге качества проб речной воды тестированием роста корней определенных видов тестовых растений.
...
05 07 2026 20:37:56
Статья в формате PDF
100 KB...
04 07 2026 15:33:21
Статья в формате PDF
216 KB...
03 07 2026 1:23:34
Еще:
Поддержать себя -1 :: Поддержать себя -2 :: Поддержать себя -3 :: Поддержать себя -4 :: Поддержать себя -5 :: Поддержать себя -6 :: Поддержать себя -7 :: Поддержать себя -8 :: Поддержать себя -9 :: Поддержать себя -10 :: Поддержать себя -11 :: Поддержать себя -12 :: Поддержать себя -13 :: Поддержать себя -14 :: Поддержать себя -15 :: Поддержать себя -16 :: Поддержать себя -17 :: Поддержать себя -18 :: Поддержать себя -19 :: Поддержать себя -20 :: Поддержать себя -21 :: Поддержать себя -22 :: Поддержать себя -23 :: Поддержать себя -24 :: Поддержать себя -25 :: Поддержать себя -26 :: Поддержать себя -27 :: Поддержать себя -28 :: Поддержать себя -29 :: Поддержать себя -30 :: Поддержать себя -31 :: Поддержать себя -32 :: Поддержать себя -33 :: Поддержать себя -34 :: Поддержать себя -35 :: Поддержать себя -36 :: Поддержать себя -37 :: Поддержать себя -38 ::