АНАЛОГОВОЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЕ ЭЛЕМЕНТАРНЫХ ЗВЕНЬЕВ ДНК
Четыре органические молекулы (нуклеотиды) - аденин (А), гуанин (G), цитозин (C) и тимин/урацил (T/U) являются алфавитом, с помощью которого осуществляется кодирование всей генетической информации. Известно, что генетический код избыточен, при этом, 61 триплет кодирует только 20 аминокислот (еще 3 триплета являются старт- и стоп-кодонами: Ochre, Amber, Opal).
Формальное представление AGTC-элементов и связей между двумя элементами комплементарного и последовательного хаpaктера ранжируется с учётом некоторых критериев. В связи с тем, что модель биологической структуры должна наиболее достоверно отражать её информационную сущность, желательно, чтобы критерий был не один, а физическая природа критериев не должна быть одинаковой. Ниже в качестве таковых используются особенности физического хаpaктера.
Все 64 триплета представлены в виде массивов VF[3,1], элементами которых являются весовые эквиваленты сочетаний нуклеотидов вида X1X2 , которые зависят от таких физических параметров, как молекулярная масса и сила водородных связей между комплементарными нуклеотидами. Альтернативным путем является представление каждого нуклеотида в виде символов четырехзначного счисления, упорядоченных по убыванию их молекулярной массы.
Представив последовательность трех значений массивов в виде кривой, можно описать ее с помощью некоторой функции Fx1x2x3, где х1х2х3 - последовательность нуклеотидов в триплете, i=1..3.
Функции триплетов были получены в программе MathCAD 9. В данной программе реализована возможность выполнения линейной регрессии общего вида. При ней заданная совокупность точек приближается функцией вида F(x,К1,К2,.., Kn)= K1F1(x)+K2F2(x)+...+КnFn(x). Таким образом, функция регрессии является линейной комбинацией функций F1(x),F2(x),..,Fn(x), причем сами эти функции могут быть нелинейными, что резко расширяет возможности такой аппроксимации и распространяет ее на нелинейные функции. Для реализации линейной регрессии общего вида используется функция linfit(VX,VY,F). Эта функция возвращает массив коэффициентов линейной регрессии общего вида К, при котором среднеквадратичная погрешность приближения облака исходных точек, если их координаты хранятся в векторах VX и VY, оказывается минимальной. Массив F должен содержать базисные функции F1(x), F2(x), , Fn(x), записанные в символьном виде, причем количество элементов массива F должно быть меньше чем количество элементов массивов VX и VY .
Для оценки точности аппроксимации использована нуклеотидная последовательность длиной 150 нуклеотидов или 50 триплетов 5´-концевого сегмента 16S-pPHK E.coli. Подсчитано, что точность аппроксимации составила 5,3%.
Применение числовых эквивалентов позволило представить маски аминокислот в виде функций с небольшой погрешностью. Это создает предпосылки для дальнейшего укрупнения элементарных нуклеотидных последовательностей, и формирования базы данных образов по их функциональной принадлежности.
Статья в формате PDF 120 KB...
27 03 2024 9:12:42
Статья в формате PDF 142 KB...
26 03 2024 23:43:53
Статья в формате PDF 179 KB...
22 03 2024 5:13:55
Статья в формате PDF 113 KB...
20 03 2024 2:53:48
Исследованы водные растворы неорганических соединений бесконтактно активированные в бездиафрагменном электролизере. Активация в большинстве случаев сопровождается уменьшением окислительно-восстановительного потенциала растворов. Показано, что релаксация бесконтактно активированных растворов начинается спустя 30-40 минут по завершении активации и протекает в колебательном режиме. Растворы бихромата калия при активации приобретают отрицательный окислительно-восстановительный потенциал, спектр поглощения растворов при этом не изменяется. Для растворов перманганата калия наблюдается противоположный эффект. Изменения окислительно-восстановительного потенциала невелики, однако изменение спектра поглощения раствора свидетельствует об образовании продукта, не имеющем аналогов при химическом восстановлении KMnO4. ...
19 03 2024 9:36:53
Статья в формате PDF 143 KB...
18 03 2024 6:18:32
Статья в формате PDF 113 KB...
17 03 2024 5:26:41
Статья в формате PDF 236 KB...
16 03 2024 17:25:38
Статья в формате PDF 119 KB...
15 03 2024 10:24:51
В статье представляется методика, владение которой позволит менеджерам управлять устойчивостью предприятия в кризисные периоды развития. ...
14 03 2024 2:58:12
Статья в формате PDF 145 KB...
13 03 2024 14:16:45
Статья в формате PDF 243 KB...
11 03 2024 3:31:41
Статья в формате PDF 126 KB...
10 03 2024 7:53:59
Статья в формате PDF 281 KB...
09 03 2024 14:15:55
Статья в формате PDF 109 KB...
08 03 2024 19:50:10
Статья в формате PDF 234 KB...
07 03 2024 23:55:26
06 03 2024 6:24:45
Статья в формате PDF 138 KB...
05 03 2024 4:13:38
Статья в формате PDF 116 KB...
04 03 2024 10:33:45
03 03 2024 13:31:42
Статья в формате PDF 109 KB...
02 03 2024 18:21:26
Статья в формате PDF 253 KB...
01 03 2024 22:37:37
Статья в формате PDF 110 KB...
29 02 2024 9:41:43
Статья в формате PDF 112 KB...
28 02 2024 1:29:14
Статья в формате PDF 289 KB...
27 02 2024 20:35:10
Перечень веществ, обладающих cпepмицидной активностью, используемых в гинекологической пpaктике в качестве местных пpoтивoзaчaточных средств, весьма ограничен. Бензалконий хлорид, мирамистин и этоний, являющиеся бисчетвертичными аммониевыми основаниями и относящиеся к катионным поверхностно-активным веществам, то есть детергентам, обладают способностью, проявляя cпepмицидную активность, оказывать выраженное антимикробное действие. Известен в качестве cпepмицида с сочетанной антимикробной активностью ноноксинол-9. Антисептическое средство метиленовый синий – метилметионин-сульфоний хлорид – также имеет в своей структуре атом четвертичного азота и согласно литературным данным обладает cпepмицидным действием. Проведённые эксперименты по определению cпepмицидной активности антимикробных соединений позволяют предположить, что установление факта принадлежности вещества к четвертичным аммониевым основаниям априори предполагает их cпepмицидную активность и возможность применения в качестве местных пpoтивoзaчaточных средств с сочетанной антимикробной активностью. ...
23 02 2024 11:20:35
Известные способы предполагают проведение испытаний травяно-кустарничкового покрова на содержание химических элементов на пробных площадках. Недостатком является раздельная обработка результатов испытаний, что лишает возможности совместного изучения травы и древесных растений. В статье показаны возможности повышения точности изучения комплекса «трава + древесное растение», а также сопоставимости содержания химических элементов по высоте растений. ...
21 02 2024 14:19:19
Статья в формате PDF 211 KB...
20 02 2024 14:27:43
Статья в формате PDF 119 KB...
19 02 2024 14:58:13
Статья в формате PDF 203 KB...
18 02 2024 3:13:24
Еще:
Поддержать себя -1 :: Поддержать себя -2 :: Поддержать себя -3 :: Поддержать себя -4 :: Поддержать себя -5 :: Поддержать себя -6 :: Поддержать себя -7 :: Поддержать себя -8 :: Поддержать себя -9 :: Поддержать себя -10 :: Поддержать себя -11 :: Поддержать себя -12 :: Поддержать себя -13 :: Поддержать себя -14 :: Поддержать себя -15 :: Поддержать себя -16 :: Поддержать себя -17 :: Поддержать себя -18 :: Поддержать себя -19 :: Поддержать себя -20 :: Поддержать себя -21 :: Поддержать себя -22 :: Поддержать себя -23 :: Поддержать себя -24 :: Поддержать себя -25 :: Поддержать себя -26 :: Поддержать себя -27 :: Поддержать себя -28 :: Поддержать себя -29 :: Поддержать себя -30 :: Поддержать себя -31 :: Поддержать себя -32 :: Поддержать себя -33 :: Поддержать себя -34 :: Поддержать себя -35 :: Поддержать себя -36 :: Поддержать себя -37 :: Поддержать себя -38 ::