ПОЛИМОРФИЗМ ГЕНА ФАКТОРА НЕКРОЗА ОПУХОЛЕЙ α У БОЛЬНЫХ РЕВМАТОИДНЫМ АРТРИТОМ РУССКОЙ ПОПУЛЯЦИИ ЧЕЛЯБИНСКОЙ ОБЛАСТИ
Данная работа является фрагментом исследований по генетическому полиморфизму цитокинов и направления «HLA и болезни» Научно-учебного Центра Молекулярной иммуногенетики УРО РАН/ ГОУ ВПО «Челябинский государственный университет»/ ОГУП «Челябинская областная станция переливания крови».
Ревматоидный артрит - хроническое системное заболевание соединительной ткани, клинически проявляющееся прогрессирующим поражением преимущественно периферических суставов по типу эрозивно-деструкивного полиартрита [1].
Ревматоидный артрит - мультифакторное заболевание, патологический процесс которого хаpaктеризуется дисбалансом противовоспалительных цитокинов со сдвигом в сторону провоспалительных цитокинов, среди которых большое значение отводится фактору некроза опухолей α (TNFα) [4]. Участие TNFα в развитии предрасположенности и клинических вариантах РА ведется в направлениях оценки содержания TNFα в сыворотке и синовиальной жидкости больных РА, уровня экспрессии м-РНК для TNFα и изучения полиморфизма гена TNFα [3].
Ген TNFα - один из самых полиморфных генов цитокинов, располагается в теломерной части шестой хромосомы в составе генов главного комплекса гистосовместимости (HLA III класса) и хаpaктеризуется высоким количеством SNPs в промоторной области, наиболее известными являются положения - 308, -238. Однако, есть и другие полиморфизмы типа SNP, например, -863, способные также влиять на экспрессию TNFα. Данные о влиянии SNPs -308,-238, -863 на экспрессию и на предрасположенность и клинические варианты РА спopны: существуют исследования, в которых показана связь этих полиморфизмов и предрасположенности и тяжести течения РА, и есть работы опровергающие роль SNPs -308, -238, -863 при РА [2, 3, 4].
Цель исследования: оценка распределения частот аллельных вариантов, генотипов и сочетаний генотипов полиморфизма типа SNP в точках -863, -308, -238 промотора гена TNFα у здоровых лиц и больных ревматоидным артритом русской этнической группы Челябинской области.
Задачи исследования:
- Установить распределение аллелей и генотипов в выборках здоровых лиц и больных РА в зависимости от клинического варианта РА (серопозитивный, серонегативный) РА с системными проявлениями и без них, и возраста начала РА русской этнической группы.
- Оценить частоты сочетаний генотипов исследуемых полиморфизмов гена TNFα в выборках больных РА и здоровых лиц.
- Оценить шансы возникновения заболевания в зависимости от носительства определенного аллеля, генотипа или комбинации генотипов.
Материалы и методы
Отбор пациентов (92 человек) проводился на кафедре госпитальной терапии Челябинской Государственной Медицинской Академии и в ревматологическом отделении Городской клинической больницы №6 (ГКБ№6) вне зависимости от стадии, клинического варианта течения заболевания и возраста начала РА. Выборка больных РА хаpaктеризовалась следующими показателями: 14 человек с системными проявлениями, полиартрит у 78 человек, серопозитивный вариант - 78, серонегативный - 16, средний возраст начала - 40,5 лет±1,5.
Контрольная группа (212 человек) составлялась из кадровых доноров костного мозга ОГУП Челябинской областной станции переливания крови. Принадлежность к этнической группе определялась по данным генеалогического анамнеза в третьем поколении (согласно рекомендациям 8-го Международного Симпозиума в 1980г., Лос-Анджелес, США). Типирование SNPs в гене TNFα - ПДРФ - анализ полиморфизма длины рестрикционных фрагментов: амплификация с последующей обработкой ампликонов эндонуклеазами рестрикции NcoI для положения -308 (G/A), BamHI для положения -238 (G/A) при 37°С, TaiI для положения -863 при 65°С. Детекция результатов - электрофорез в 8% ПААГе. Статистическая обработка результатов: иерархический логлинейный анализ для расчета критерия максимального правдоподобия (G или χ2ML) и отклонений Фримана-Тьюки, позволяющие определить за счет каких ячеек таблиц сопряженности может получаться значимый эффект или тенденция к различиям. Критерий хи-квадрат с поправкой Йетса на непрерывность применялся для одной степени свободы, когда абсолютные частоты меньше 10. Для оценки вероятности возникновения признака (заболевания или какой-то клинической хаpaктеристики) в зависимости от генетического варианта (аллеля, генотипа, комбинации генотипов) применялся критерий отношения шансов (ОШ) с расчетом 95% ДИ - отношение шансов в одной группе к шансам этого же событии в другой группе. Во всех случаях различия считали статистически значимыми при р≤0,05, незначимыми при р>0,10; для промежуточных значений р (0,05≤р≤ 0,10) обсуждали тенденцию к различиям.
Результаты исследования
Распределение частот генотипов SNPs -308, -238, -863 TNFα в исследуемых выборках подчинялось закону Харди-Вайнберга.
1. Анализ распределения аллелей и генотипов SNPs -308, -238, -863 TNFα в группе здоровых лиц русской этнической группы Челябинской области. В целом распределение аллелей и генотипов исследуемых полиморфизмов соответствует частотам распределения в европеоидных популяциях, хотя имеются этнические особенности в распределении аллелей и генотипов -308 SNP. По частотам аллелей и генотипов SNPs -238, -863 представители русской этнической группы не отличаются от других популяций европеоидного происхождения [2, 5].
2. На втором этапе мы изучали распределение частот аллелей и генотипов в выборке больных РА в сравнении со здоровыми лицами и внутри группы больных. По частотам аллелей -238, -308 выборки больных РА и здоровых лиц не отличаются между собой. В группе больных РА наблюдалось повышение частоты аллеля с заменой -863 на уровне тенденции:19,57% против 14,39% в группе сравнения, χ2ML=2,56, р=0,109, одна степень свободы, FT для аллеля с заменой составляет 1,216, что соответствует р<0,05, а по критерию ОШ полученные различия не были статистически значимыми ОШ=1,45; 95% ДИ [0,92;2,5]. При выделении отдельно группы женщин, больных РА эта тенденция усилилась (χ2ML=2,879, р=0,089, одна степень свободы, FT для аллеля с заменой составляет 1,14, р<0,05, а для частого аллеля FT равно -1,016, р<0,05, хотя по критерию ОШ различия также были статистически недостоверны ОШ=1,64, 95% ДИ [0,92;2,89]). Возможно, установленный феномен не имеет прогностического значения в отношении развития РА.
Для частот генотипов -863, как и для частот генотипов -238, -308, не получено статистически значимых отличий между выборкой больных РА и группой сравнения.
В продолжение работы мы провели анализ распределения частот аллелей и генотипов внутри группы больных в зависимости от возраста начала РА, клинических вариантов (серопозитивный, серонегативный) и по наличию или отсутствию системных проявлений. Не обнаружено различий для исследуемых полиморфизмов в группах больных с ранним и поздним РА, с серопозитивным и серонегативным вариантом РА.
Для группы больных с системными проявлениями значим оказался полиморфизм SNP -308, полученные данные приведены в таблице. Как видно из таблицы частоты аллеля с заменой и его гомозиготного и гетерозиготного генотипов повышены в группе больных с системными проявлениями, в то время как снижены частоты аллеля дикого типа и его гомозиготного генотипа. Критерий ОШ показал, что высокопродуктивный аллель (A) с заменой и его гетерозиготный вариант (G/A) предрасполагают к возникновению системных проявлений у больных РА, а аллель нормальной продукции (G) является протекторным для развития системных осложнений.
Таблица 1. Распределение аллелей и генотипов SNP -308 в группах больных РА с системными проявлениями и без них.
аллели |
Группа больных с системными проявлениями, n=14 |
Группа больных без системных проявлений, n=73 |
χ2, р -уровень значимости |
ОШ, 95% ДИ |
||
абс. зн. |
% |
абс. зн. |
% |
|||
A |
10 |
35,7 |
18 |
12,3 |
χ2ML=8,3, р=0,004 |
3,95; [1,56;9,95] |
G |
18 |
64,3 |
128 |
87,7 |
0,25; [0,1;0,64] |
|
генотипы общий χ2ML= 9,8489; p=0,00727, две степени свободы |
||||||
A/A |
1 |
7,14 |
0 |
0 |
χ2*=0,86, р=0,35 |
0,24; [0,027;1,98] |
G/A |
8 |
57,14 |
18 |
24,7 |
χ2*=4,47, р=0,035 |
4,07; [1,22;13,5] |
G/G |
5 |
35,71 |
55 |
75,3 |
χ2*=6,87, р=0,008 |
0,18; [0,05;0,6] |
* - χ2 с поправкой Йетса, для одной степени свободы.
3. На третьем этапе работы были изучены комбинации генотипов исследуемых полиморфизмов и их сочетанное влияние на состояние «больной РА - здоровый индивид». Поскольку эти полиморфизмы располагаются в промоторной области гена то, предположительно, могут сочетано влиять на уровни экспрессии белка [5]. При изучении взаимодействий между SNPs -308, -238, -863 и состояния «больной РА - здоровый индивид» значимо оказалось взаимодействие между генотипами SNP -308 и генотипами -863, выражающееся в повышенной частоте сочетания G/A(-308)-C/A(-863) в группе больных РА, по сравнению со здоровыми лицами (13,04% против 2,83%, общий χ2ML= 10,160, р=0,11808, 6 степеней свободы, отклонения Фримана-Тьюки в группе больных РА 1,78, в группе контроля - -1,68, р<0,05; для одной степени свободы χ2 с поправкой Йетса =10,25, р=0,0014; ОШ=5,15, 95% ДИ [1,86;14,24]). Это сочетание содержит аллели с заменами точке -308 (А) и в точке -863 (А), при этом влияние замен на экспрессию TNFα, согласно литературным данным противоположно: аллель А -308 повышает продукцию TNFα, тогда как аллель А -863 снижает ее [5]. К настоящему времени мы не можем объяснить этот феномен, вероятно, что это сочетание может быть связано с другими полиморфизмами в гене TNFα, или входить как часть в расширенные гаплотипы HLA.
Выводы:
- Установлены хаpaктеристики распределения аллелей и генотипов полиморфизмов типа SNPs -238, -308, -863 у представителей русской этнической группы Южного Урала.
- Показано повышение частот аллелей с заменами в точке -863 (на уровне тенденции) в группе больных РА и у женщин больных РА, не имеющее диагностического значения.
- SNPs -238, -308, -863 не связаны с предрасположенностью, клиническими вариантами (серопозитивный, серонегативный) и возрастом начала РА.
- Значим для формы РА с системными проявлениями, оказался полиморфизм -308 G/A: повышена частота аллеля с заменой (А) и его гомозиготного (А/А) и гетерозиготного генотипов (G/A).
- В общей группе больных РА повышена частота сочетания генотипов G/A(-308)-C/A(-863).
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
- Шулутко Б.И., Курдыбайло Ф. В., Настин Н.Н и др. Внутренние болезни, т. 2. // СПб.: Изд-во Санкт-Петербургского санитарно - гигиенического мед. института, 1994. - 480с.
- Brinkman B.M., Huizinga T.W., Kurban S.S., et al. Tumour necrosis factor alpha gene polymorphisms in rheumatoid arthritis: association with susceptibility to, or severity of, disease?// Br J Rheumatol. - 1997. -Vol. 36. - P.516-521.
- Fonseca J. E., Cavaleiro. J. et al. Contribution for new genetic markers of rheumatoid arthritis activity and severity: sequencing of the tumor necrosis factor-alpha gene promoter //Arthritis Research & Therapy. - 2007. - Vol.9. - P.1-10.
- Kaijzel E.L., Bayley J-P., et al. Allele-specific quantification of tumor necrosis factor (TNF) transcription and the role of promoter polymorphisms in rheumatoid arthritis patients and healthy individuals // Genes and Immunity. - 2001. - Vol. 2. - P.135-144.
- Skoog, T. A., van´t Hooft F., et al. Common functional polymorphism (C→A substitution at position -863) in the promoter region of the tumour necrosis factor-α (TNF-α) gene associated with reduced circulating levels of TNF-α // Hum Mol Genet. - 1999. - Vol.8. - P. 1443-1449.
Работа поддержана грантом Правительства Челябинской области 2007г. (008.04.05-07.БX)
Разработана методика получения высокоочищенных препаратов инулиназы из продуцентов Aspergillus awamori и Saccharomyces cerevisiae. Исследовано влияние различных органических растворителей на полноту осаждения данного фермента. ...
08 12 2024 17:36:48
Статья в формате PDF 495 KB...
07 12 2024 6:30:59
Статья в формате PDF 108 KB...
06 12 2024 2:53:51
Статья в формате PDF 139 KB...
05 12 2024 5:59:22
Статья в формате PDF 206 KB...
04 12 2024 0:37:39
Наиболее универсальное объяснение причин внешней торговли дано Э. Хекшером и Б. Олином: страна предлагает на международные рынки те блага, создание которых требует относительно изобильного для данной страны фактора производства. Развивая их идею, можно предположить, что это только начальный этап – этап формирования за счет экспортных доходов запасов фактора «капитал», стратегического в условиях НТП. В настоящее время участие в международной торговле уже используется отдельными странами как наиболее эффективный способ реализации собственных долгосрочных интересов. Мы остановились на примере Китая. ...
03 12 2024 10:55:45
Статья в формате PDF 117 KB...
02 12 2024 11:50:35
Статья в формате PDF 119 KB...
01 12 2024 7:54:31
Статья в формате PDF 226 KB...
30 11 2024 21:19:47
Статья в формате PDF 107 KB...
29 11 2024 2:53:51
Статья в формате PDF 127 KB...
28 11 2024 15:49:59
Статья в формате PDF 115 KB...
27 11 2024 5:45:52
Статья в формате PDF 221 KB...
26 11 2024 22:23:57
Статья в формате PDF 129 KB...
25 11 2024 7:36:40
Статья в формате PDF 133 KB...
24 11 2024 12:50:44
Статья в формате PDF 104 KB...
23 11 2024 21:24:22
Эмбриональная полукольцевидная форма является исходной в морфогенезе дефинитивной двенадцатиперстной кишки человека. Она преобразуется в кольцевидную у большинства плодов десятой недели, последняя в типичную подковообразную форму — к середине утробной жизни человека. ...
22 11 2024 12:15:48
Статья в формате PDF 143 KB...
21 11 2024 7:33:57
Статья в формате PDF 180 KB...
20 11 2024 22:46:26
Статья в формате PDF 121 KB...
19 11 2024 15:22:31
Статья в формате PDF 273 KB...
18 11 2024 20:18:22
Статья в формате PDF 139 KB...
17 11 2024 19:54:29
Статья в формате PDF 101 KB...
16 11 2024 7:27:34
Статья в формате PDF 307 KB...
15 11 2024 6:11:37
Статья в формате PDF 172 KB...
14 11 2024 0:20:37
Статья в формате PDF 125 KB...
13 11 2024 12:53:49
Статья в формате PDF 647 KB...
12 11 2024 22:59:45
Показано значение естественнонаучной составляющей образования для развития способов умственной деятельности у одаренных детей и значение основополагающих знаний естественных наук для будущих поколений. ...
11 11 2024 2:13:18
Статья в формате PDF 401 KB...
10 11 2024 20:19:15
Целью настоящего исследования явилось определение с применением новых современных методов биоинформационного анализа места и роли гелиогеомагнитной активности в комплексном биотропном воздействии на организм человека особых экологических факторов высоких широт. Изучалась сезонная динамика рецидивирования хронических заболеваний внутренних органов (стенокардия, гипертоническая болезнь, хронический бронхит, ревматизм) у жителей г. Сургута за пятилетний период. Параллельно отмечалась среднемecячная динамика геомагнитной активности. Проведенный корреляционный анализ в рамках второй, стохастической (вероятностной) парадигмы показал, что суммарная среднемecячная и сезонная динамика геомагнитных колебаний, выявленная при многолетнем наблюдении на территории Югры, играет существенную роль в течении хронических неинфекционных болезней. Однако в рамках второй парадигмы не представляется возможным определить значимость геомагнитной активности в комплексном биотропном влиянии экстремальных экологических факторов. Разрешение данной проблемы возможно только с позиции третьей, синергетической парадигмы. Применение метода идентификации параметров квазиаттpaкторов в фазовом прострaнcтве состояний позволяет в рамках синергетической парадигмы выявить значимость геомагнитных возмущений в комплексном биотропном воздействии на организм человека нeблагоприятных экологических факторов высоких широт. ...
09 11 2024 9:32:19
Статья в формате PDF 126 KB...
08 11 2024 16:28:55
В работе изучено состояние процессов перекисного окисления липидов и содержание фосфолипазы А2 в периферической крови беременных III триместра с обострением гepпeс-вирусной инфекции в зависимости от титра антител IgG к вирусу простого гepпeса 1 типа. Установлено, что обострение гepпeс-вирусной инфекции в период гестации способствует активации процессов перекисного окисления липидов, регистрируемого по содержанию ТБК-активных продуктов (малонового диальдегида), повышению содержания фосфолипазы А2, наиболее выраженное при титре антител IgG к ВПГ-1 1:12800 и является причиной деструктивных процессов в составе липидов эритроцитов. ...
07 11 2024 17:44:58
Статья в формате PDF 114 KB...
06 11 2024 13:36:34
Статья в формате PDF 271 KB...
05 11 2024 9:11:31
Статья в формате PDF 124 KB...
04 11 2024 1:43:37
Статья в формате PDF 214 KB...
03 11 2024 19:15:43
Статья в формате PDF 293 KB...
02 11 2024 20:54:11
Статья в формате PDF 102 KB...
31 10 2024 19:21:34
Еще:
Поддержать себя -1 :: Поддержать себя -2 :: Поддержать себя -3 :: Поддержать себя -4 :: Поддержать себя -5 :: Поддержать себя -6 :: Поддержать себя -7 :: Поддержать себя -8 :: Поддержать себя -9 :: Поддержать себя -10 :: Поддержать себя -11 :: Поддержать себя -12 :: Поддержать себя -13 :: Поддержать себя -14 :: Поддержать себя -15 :: Поддержать себя -16 :: Поддержать себя -17 :: Поддержать себя -18 :: Поддержать себя -19 :: Поддержать себя -20 :: Поддержать себя -21 :: Поддержать себя -22 :: Поддержать себя -23 :: Поддержать себя -24 :: Поддержать себя -25 :: Поддержать себя -26 :: Поддержать себя -27 :: Поддержать себя -28 :: Поддержать себя -29 :: Поддержать себя -30 :: Поддержать себя -31 :: Поддержать себя -32 :: Поддержать себя -33 :: Поддержать себя -34 :: Поддержать себя -35 :: Поддержать себя -36 :: Поддержать себя -37 :: Поддержать себя -38 ::